Аналогичную картину можно наблюдать и на жестком диске. Логической ячейкой для хранения данных на нем является кластер (аналог вагонного купе). Пока диск пуст, файлы пишутся подряд, то есть если файлу необходимо более одного кластера, то он занимает смежные кластеры. Однако с течением времени на диске становится все меньше и меньше свободного места. Вскоре наступает момент, когда файлам достаточно больших размеров уже не находится свободного места в смежных кластерах и файлы начинают дробиться. Чем больше на диске фрагментироваиных файлов, тем выше фрагментированность всего диска в целом.

На фрагментированность диска влияют степень его заполненности диска и продолжительность эксплуатации. Объединяя оба фактора в один, можно сказать, что фрагментация диска вызывается продолжительной эксплуатацией при высокой (более 80%) степени заполненности.

Жесткий диск — электромеханическое устройство. В то время как электронные операции с данными происходят очень быстро, механические операции выполняются в тысячи раз медленнее. Чем больше раздробленность файлов, тем чаще системе приходится перемещать блок электромагнитных головок для их точного позиционирования в нужных кластерах. Это основная причина резкого падения производительности компьютерной системы при высокой степени фрагментированности диска.